Minister Obrony Narodowej sprawował bezpośredni nadzór nad działalnością tych służb, w tym zwłaszcza nad działalnością operacyjno-rozpoznawczą. Funkcje nadzorcze nad tą formacją sprawowała także Sejmowa Komisja do Spraw Służb Specjalnych. Do jej kompetencji należało m.in.: opiniowanie kierunków pracy służb specjalnych, ocena ich współdziałania.

WSI wykonywały zadania związane z rozpoznaniem i przeciwdziałaniem zagrożeniom godzącym w obronność państwa oraz naruszeniom tajemnicy państwowej w zakresie obronności. Współdziałały z ABW  przy zapobieganiu i zwalczaniu zbrodni szpiegostwa oraz innych przestępstw godzących w potencjał obronny państwa. Zapewniały ochronę gospodarki narodowej w odniesieniu m.in. do nadzorowanych przez ministra Obrony Narodowej:

 – badań, produkcji i usług dotyczących broni, amunicji, materiałów wybuchowych i sprzętu wojskowego, wykonywanych przez jednostki badawczo-rozwojowe i inne placówki naukowo-badawcze na potrzeby obronności państwa,